Сразу же после прихода Мехмеда к власти янычары подняли мятеж и потребовали повышения жалованья и других привилегий. Мехмед удовлетворил их требования, однако вскоре вспыхнули беспорядки среди населения Стамбула, которые приняли более широкий размах. Их удалось подавить только после того, как визирь Ферхад-паша вывел на улицы артиллерию, смертоносный огонь которой быстро образумил бунтовщиков.
Через год после своего восшествия на престол Мехмед III решил организовать очередной поход против Габсбургов, лично возглавив армию. Эту мысль Мехмеду внушил его наставник Садеддин Ходжа, который убедил султана в «необходимости завоеваний и добродетелях священной войны». В тот период это имело особое значение, поскольку турецким войскам, потерпевшим ряд серьезных поражений от христиан, нужно было вновь обрести уверенность в своих силах. Валиде-султан Сафие была непримиримо настроена против того, чтобы ее сын отправился на войну. Она стала действовать через любимую наложницу Мехмеда, которая по наущению Сафие пыталась уговорить султана изменить свое решение. Однако это стоило девушке жизни. В донесении, датированном 6 июля 1596 года, венецианский дипломат Марко Веньер писал по этому поводу:
«Откладывать поход дальше для султана было уже невозможно. Султанша-мать, разгневанная предстоящим отъездом сына, убедила девушку исключительной красоты, от которой он был без ума, умолять его не уезжать. Она так и сделала, когда однажды они были вместе в саду, однако любовь султана внезапно перешла в ярость, и, выхватив свой кинжал, он убил девушку. С тех пор никто не осмеливался затрагивать этот предмет».
В этом походе Мехмеда сопровождал Эдвард Бартон, английский посол при Высокой Порте, как тогда принято было в дипломатических кругах Европы именовать султанский двор. Бартон через посредство Сафие установил теплые отношения с султаном, который пригласил его участвовать в походе. При этом Мехмед III имел также в виду возможное использование Бартона в качестве посредника в деле налаживания контактов с Габсбургами.
12 октября 1596 года османская армия захватила крепость Эрлау в северной Венгрии, а две недели спустя она встретилась с основными силами Габсбургской армии, которые заняли хорошо укрепленные позиции на равнине Мезёкёвешд. В этот момент у Мехмеда сдали нервы, и он уже был готов бросить свои войска и возвратиться в Стамбул, однако визирь Синан-паша убедил его остаться. Когда на следующий день, 26 октября, обе армии сошлись в решающей битве, Мехмед устрашился и собирался было бежать с поля боя, однако Седеддин Ходжа одел на султана священный илаш пророка Мухаммеда и буквально вынудил его присоединиться к сражающимся войскам. Результатом сражения стала неожиданная победа турок, а Мехмед заработал себе прозвище Гази. Хронист Хасан Кафа эль-Акхисара воспел ему славу, назвав его «императором, покоряющим мир, султаном Гази Мехмед-ханом».
После своего триумфального возвращения Мехмед III никогда больше не водил свои войска в поход. Венецианский посол Джироламо Капелло писал:
«Врачи объявили, что султан не может идти на войну по причине его плохого здоровья, вызванного излишествами в еде и питье».
Умиротворенная Софие, которой больше не нужно было беспокоиться о любимом сыне, подвергавшем свою жизнь опасности на поле брани, разъезжала по улочкам Стамбула на красивом экипаже, стоившем несметных денег – подарке английской королевы Елизаветы. Простолюдины любили Сафие, однако армия и улемы (мусульманские богословы и законоведы) выражали все большее недовольство тем, что Валиде оказывает столь сильное влияние на султана. Английский дипломат Генри Лелло писал об этом в своем донесении:
Сафие Султан – наложница султана Мурада III и мать Мехмеда III. Во время правления Мехмеда носила титул валиде-султан (мать султана) и являлась одной из важнейших фигур в Османской империи
«Она [Сафие] всегда была в фаворе и целиком подчинила себе своего сына; несмотря на это, муфтии и военачальники часто жалуются на нее своему монарху, указывая на то, что она вводит его в заблуждение и властвует над ним».
Могущество Сафие наиболее очевидно воплотилось в сооружении нового религиозного комплекса, которое начато по ее инициативе в 1597 году (в наши дни это здание носит название Yeni Cami).
Матери султанов обычно осуществляли свою финансовую деятельность через посредниц-евреек, которых собирательно именовали термином «кира». Кира выполняли функции торговых агентов для женщин, запертых в гареме. Кирой Сафие была Эсперанца Мальки, которая сосредоточила в своих руках баснословное богатство, выполняя конфиденциальные поручения Валиде-султан. Пол Райкот, служивший в 1660-х годах секретарем английского посольства в Стамбуле, пишет об огромном влиянии, которым располагала кира по имени Мульки Кадан. Ее влияние на Сафие он приписывает тому факту, что обе эти женщины были любовницами:
«Ибо во времена султана Магомета [Мехмеда III], когда управление всей империей покоилось в руках некоей Мульки Кадан, молодой дерзкой женщины, пользовавшейся необычайной благосклонностью и любовью королевы-матери (которая, как стало известным, находилась в неестественной половой близости с указанной женщиной), в ведении визиря и других высших чиновников не оставалось ничего, но, наоборот, распоряжения и указания они получали от нее; черные евнухи и негры верховодили везде, а заседания кабинета проводились в тайных покоях женщин, и оттуда исходили предписания, там назначали на должности и увольняли с них и во всем соблюдались интересы этого женского правительства».
Между тем здоровье Мехмеда III разрушалось на глазах: он слабел, несколько раз терял сознание и впадал в забытье. Иногда казалось, что он на краю смерти. Об одном из таких случаев упоминает венецианский посол Капелло в своем сообщении от 29 июля 1600 года:
«Великий Властитель удалился в Скутари, и ходят слухи, что там он впал в слабоумие, что с ним до этого уже неоднократно происходило, и этот припадок продолжался три дня, в течение которых бывали краткие периоды прояснения разума».
Угроза янычар сместить султана и возвести на трон его сына Махмуда не на шутку встревожила Мехмеда. Махмуд, которому тогда был двадцать один год, пользовался большой популярностью у янычар. В отличие от своего поджарого энергичного старшего сына Мехмед превратился в жирную тушу, и его общее физическое состояние было настолько удручающим, что личный врач категорически возражал против участия султана в очередном походе. Еще большую тревогу у Мехмеда вызвало письмо одного прорицателя, в котором тот предсказывал, что в течение ближайших шести месяцев последует смерть султана и на трон взойдет Махмуд. Сафие перехватила это письмо, адресованное матери Махмуда, и передала Мехмеду, который решил уничтожить как Махмуда, так и его мать: их казнили 7 июня 1603 года. Об этом происшествии упоминает Генри Лелло в своем донесении королеве, где он пишет, что наследного принца Махмуда «бесчестно удавили и тайно похоронили».