После недолгого отдыха Николай отправился в дальнюю дорогу.
В то время в Орле проживало около 69 тысяч жителей, насчитывалось 6,5 тысячи домов, 150 промышленных предприятий, 28 церквей, три гимназии, несколько училищ, а также были духовная семинария и Бахтина кадетский корпус.
Правила внутреннего распорядка в семинарии были суровыми, жизнь учащихся была расписана до мелочей.
«…Всем воспитанникам семинарии вменяется в непременную обязанность иметь и носить форменные костюмы, установленные Правлением семинарии. Всякое отступление от формы будет строго преследоваться, и виновные будут подвергаться взысканиям. Квартиры избираются учениками только с разрешения семинарского начальства», — отмечалось в Правилах для воспитанников. Однако благодаря общему демократическому подъему в России после первой русской революции учебные программы семинарии претерпели значительные изменения: с 1907 г. было увеличено количество учебных часов по математике и физике, введен новый предмет — астрономия, в первых трех классах стали изучать в качестве обязательного предмета французский или немецкий языки. По желанию воспитанников было сокращено число занятий, отводимых на изучение древних языков и богословских предметов.
Первый класс Николай окончил вторым по списку, да и все последующие годы он неизменно входил в число лучших учеников семинарии. Между прочим, учебная программа кроме общеобразовательных дисциплин включала в себя изучение основ логики, психологии, философии.
Большой популярностью у семинаристов пользовались уроки гимнастики, проводимые преподавателем И. И. Шеблем, чехом по национальности.
П. Ткачев, Н. Шорнов-Колпаков, Ф. Матросов факультативно обучали основам живописи, уроки которых аккуратно посещал Николай Николаевич. Был и свой духовой оркестр.
Библиотека по тем временам считалась сравнительно большой, а ее фонды кроме богословской литературы содержали много книг по истории, литературе, другим отраслям знаний, выписывались многие популярные журналы тех лет: «Нива», «Вестник Европы», «Исторический вестник» и др. Здесь надо отметить, что книги занимали в жизни Николая особое место. Спустя годы он так писал о своем увлечении: «Читать [я] начал рано, очень любил чтение, к этому поблуждала большая Земская библиотека, которой заведы-вала моя мать. Читал до некоторой степени без разбора, до сих пор сохранил любовь к чтению и почти физическую потребность в нем».
В семинарии регулярно отмечались общенациональные праздники: 300-летие подвига Минина и Пожарского, 200-летие Полтавской битвы, 50-летие освобождения крестьян от крепостной зависимости и другие.
В Орловской духовной семинарии получил образование выдающийся полярный исследователь Владимир Александрович Русанов. С 1907 по 1911 г. он шесть раз участвовал в экспедициях на Новую Землю. И это являлось предметом особой гордости семинаристов.
В свободное время Николай много читал, иногда навещал дядю по материнской линии — Сергея Сергеевича Аракина, который был настоятелем Сергиевской церкви и играл заметную роль в епархии, являясь духовным следователем по городу Орлу.
«7 июня в 8 часов 24 минуты в Орел прибыл великий князь Михаил Александрович для принятия 17-го гусарского Черниговского полка, в котором Его Высочество назначен стать командиром», — писали орловские газеты и журналы летом 1909 г. Во встрече принимали участие гарнизон г. Орла, Бахтина кадетский корпус, учащиеся духовной семинарии и духовного училища. С речью выступил священник железнодорожной церкви Аркадий Оболенский. Затем в кафедральном соборе было зачитано приветствие от духовенства. Никто из встречавших и не предполагал, что всего через десять лет Февральская революция сметет царя Николая 11, а великий князь Михаил Александрович откажется от престола. Кто знает, что готовит ему жизнь…
Лето Николай проводил дома. В автобиографии, написанной в 20-х гг. ХХ века, Н. Н. Поликарпов писал: «Отец вел хозяйство и обрабатывал церковную землю, а я, как и мои братья и сестры, помогал ему в этом».
В конце 1909 г. в семинарии вспыхнула забастовка, охватившая первые четыре класса. Бастующие требовали предоставления свободного доступа по окончании четырех классов во все университеты без дополнительных экзаменов, сокращения преподавания богословских предметов, ослабления внеклассного надзора, уничтожения переходных экзаменов, улучшения преподавания математики, свободного выбора квартир, свободы заработка, разрешения кружков: философских, литературных, музыкальных, драматических и др. Эти требования не носили политического характера, однако сам факт их провозглашения в стенах семинарии свидетельствует о том, что демократические идеи находили живой отклик в сердцах семинаристов. Администрация на все 16 пунктов требований ответила категорическим отказом, прекратила занятия, досрочно отправив семинаристов на каникулы.
Ректор Владимир Антонович Сахаров выступил с резкой отповедью по каждому пункту петиции и, в частности, писал:
«Юность, отказываясь забастовками учиться, теряет драгоценное время на развитие духовных сил и на приобретение полезных и нужных жизни знаний, и потерянного нельзя восполнить, потому что «всякому делу свое время». Уже это одно — громадная и незаменимая потеря. Бастующему юношеству всегда нужно помнить, какое они величайшее преступление совершают прежде всего против самих себя».
Наказание было сравнительно мягким: правление исключило несколько человек и нескольких оставило на второй год.
Непосредственным следствием забастовки явились участившиеся инспекторские визиты архиепископа в Орловскую духовную семинарию. В течение года со своей свитой он посетил занятия всех классов.
Прерывались занятия и вследствие других причин. Летом 1910 г. эпидемия холеры распространилась почти на всей территории Орловской губернии. Во многих населенных пунктах был введен карантин. Газеты печатали рекомендации, как уберечься от холеры. Священники всех приходов читали наставления об этом во время проповедей. Занятия возобновились только с октября 1910 г.
Зная церковную жизнь изнутри, Николай не помышлял о духовной карьере. Старшая сестра Лидия вспоминала, что он мечтал стать моряком, в семинарии отпустил усы и подстригал их на морской манер.
В начале 1911 г. Н. Н. Поликарпов решил поступить в Петербургский политехнический институт императора Петра